Pese a las precipitaciones los desagües respondieron de buena manera en la ciudad
Más allá del permanente mantenimiento, rectificación, limpieza y desmalezado de los canales de desagües internos y perimetrales y de las alcantarillas, durante los últimos años fueron varias las obras que se han ido concretando para que la evacuación de las aguas sea de manera eficiente. Entre ellas se puede mencionar a la obra de canalización a la vera de la ruta provincial Nº 1 y nacional Nº 158 que ayudó a mitigar la problemática con el agua en el sector oeste de la ciudad, también la canalización en distintos sectores, el canal en la zona de barrio Plaza San Francisco que alivia las influencias de las aguas en una zona de marcada depresión como la que se halla en ese sector y que desagua en el canal interprovincial para luego derivar los líquidos al canal Vila-Cululú. En ese mismo sitio se continúa ejecutando el alteo de la Av. de los Inmigrantes en el acceso a Plaza San Francisco, sumado al inicio de las obras del camino al Ipea 222 «Agrónomo Américo Almes Milani», la realización de canales interiores como el de Av. Güemes, que desagua en el de Av. Urquiza y luego atraviesa gran parte de la ciudad en la zona noreste hasta el canal de Primeros Colonizadores, que sistematiza luego en el norte con el canal del camino interprovincial, previo paso por dos importantes lagunas de retardo (al norte de Villa Golf y en la zona del interprovincial).
Las lagunas de retardo cumplen con la importante tarea de servir como reguladores del escurrimiento hacia los colectores, y en el último tiempo se ejecutó la que se encuentra ubicada al sur del predio del Parque Industrial, vecina al canal de Av. Savio, y que desemboca junto a los canales perimetrales en el colector sur para su posterior vinculación hidráulica al canal San Antonio.
En cuanto a obras estructurales de importante envergadura, se comenzó con la ambiciosa obra de la Cuenca Avellaneda, que incluye la canalización para evacuar la cuenca sureste de San Francisco a través del canal Avellaneda, beneficiando a los barrios ubicados en ese sector de la ciudad, con una inversión de más de 55 millones de pesos. Otra importante obra es la de la Cuenca Oeste, la cual beneficiará a los barrios del sector noroeste. La misma ya está adjudicada y se encuentra en este momento en el proceso de replanteo de obra. La obra central que completa el escurrimiento hídrico es la Cloaca Máxima y el Colector Sur. Es decir que se trata de tres obras centrales con inversiones millonarias para beneficio de todos los sanfrancisqueños.